1459 m. Pašvitinyje pastatyta pirmoji bažnyčia. 1609 m. pradėta statyti nauja. Pašvitinys 1621–1842 m. priklausė Žemaičių vyskupijai.
Vietoj medinės 1825 m. pastatyta mūrinė bažnyčia, bet dėl blogų pamatų netrukus perskilo. Ji buvo nugriauta ir 1852 m. pastatyta dabartinė bažnyčia. Ją 1857 m. konsekravo vyskupas Motiejus Valančius. Parapijai 1841 m. priklausė 6 valakai žemės. Prie bažnyčios nuo seno buvo altarija, vėliau įsteigta antra. XIX a. viduryje veikė parapinė prieglauda. Po 1902 m. pagal architekto Nikolajaus Andrejevo projektą pastatyta mūrinė klebonija[1].
Pašvitinyje 1928–1934 m. gyveno ir mirė kunigas Juozas Dabužis-Dabužinskas (1878–1934), visuomenininkas ir spaudos darbuotojas, 1919 m. Paryžiaus Taikos konferencijos Lietuvos delegatas. 1952–1988 m. klebonavo Boleslovas Stasuitis (1909–1988; palaidotas Šiaulėnų kapinėse). Pašvitinio bažnyčioje 1805 m. gruodžio 25 d. krikštytas Juozapas Nikodemas von Goesas – aktyvus XIX a. Joniškio savivaldos veikėjas, lietuvių tautinio atgimimų veikėjų Joniškio ir Pakruojo krašte – Stanislovo ir Teresės von Goesų tėvas. 1887 m. spalio 27 d. tuokėsi vieno iš Lietuvos komunistų partijos įkūrėjų Karolio Požėlos tėvai Rozalija Čiapaitė ir Juozapas Požėla.
1904 m. rugpjūčio 14 d. šioje bažnyčioje susituokė Lietuvos Respublikos Prezidentas Antanas Smetona ir Sofija Chodakauskaitė.[2]
1968 m. žvalgomosios archeologinės ekspedicijos metu (vad. A. Tautavičius) [3] nustatytas dubenėtas akmuo šventoriuje. Jis įmūrytas pietinėje tvoros pusėje prie rytinio šventoriaus kampo (apie 7,5 m nuo jo į vakarus), prie pat žemės. Akmuo 110×50 cm dydžio, duobutė 14 cm skersmens, 7 cm gylio.
2006 m. vykdytų archeologinių tyrimų metu (vad. E. Vasiliauskas) šventoriuje rasta XVI–XVIII a. monetų, papuošalų, kapų[4].
